Biotec pra Galera

Computação chega à biotecnologia

A biotecnologia é um mundo de conhecimento tão grande que foi preciso criar softwares e sistemas de informação para armazenar a quantidade de dados gerados por ela. Essa é uma importante oportunidade de atuação que se abriu para profissionais, formados em Ciências da Computação, no campo biotecnológico. Alexandre Corrêa Barbosa é um exemplo. Ele se formou em engenharia de computação na Universidade Estadual de Campinas (Unicamp), São Paulo, e participou do sequenciamento do genoma da bactéria Xanthomonas axonopodis pv. Citri, que causa a doença do cancro cítrico nos laranjais paulistas. Hoje ele é um dos diretores da Scylla Informática, empresa especializada no desenvolvimento de softwares para a biotecnologia. Leia a entrevista que ele deu ao Biotec pra Galera:

Biotec pra Galera - A área de Ciências da Computação parece tão distante da biotecnologia. Quando você entrou na faculdade, já imaginava que seguiria esse caminho? Como você se envolveu com a bioinformática?

Alexandre - Quando entrei na faculdade, meu objetivo era trabalhar com telecomunicações. Eu sequer sabia da existência de uma área chamada bioinformática. Quando eu estava no segundo ano, alguns professores do Instituto de Computação da Unicamp demonstraram interesse em orientar alunos de iniciação científica. Dentre estes, havia o professor João Carlos Setúbal, que era um dos coordenadores do Laboratório de Bioinformática (LBI). Como sempre gostei de biologia, resolvi verificar do que tratava a tal bioinformática. Acabei gostando e comecei a trabalhar no LBI, e só saí de lá em 2002, quando o João Meidanis, que também era coordenador do Laboratório, liderou um grupo de pesquisadores que lá trabalhavam para fundar a Scylla Bioinformática.

Biotec pra Galera - O que faz exatamente um profissional das Ciências da Computação? Qual o seu campo de trabalho?

Alexandre - Esse profissional é bastante versátil, podendo trabalhar nas mais diferentes áreas que possam se beneficiar do desenvolvimento de modelos matemáticos direcionados para as questões computacionais, do planejamento e operacionalização de sistemas integrados de informação, do desenvolvimento de sistemas de programação e da própria análise de sistemas. Desta forma, o campo de trabalho deste profissional é enorme: empresas produtoras de softwares, companhias usuárias de sistemas informatizados, consultorias, grupos financeiros, centros de processamento de dados, instituições de pesquisa, entre outros.

Biotec pra Galera - O que é bioinformática e qual seu estágio hoje no Brasil e no mundo? É mais uma oportunidade que se abre para os profissionais da Ciência da Computação?

Alexandre - De forma bem simples, podemos dizer que bioinformática é a aplicação de técnicas computacionais, estatísticas e matemáticas para resolver problemas biológicos, indo desde a elaboração de modelos matemáticos e estatísticos, até a implementação de programas de computadores. Apesar de ser uma área relativamente nova (ao menos ao que diz respeito à aplicação à biologia molecular), evoluiu bastante e continua evoluindo em ritmo acelerado. E a bioinformática no Brasil equipara-se aos principais centros de pesquisa do mundo, contando com pesquisadores de prestígio internacional, que têm produzido trabalhos que são referência em todo o mundo. O avanço da bioinformática certamente é mais uma oportunidade para os profissionais da Ciência da Computação que tenham interesse em aprofundar seus conhecimentos em biologia e também para os biólogos que desejam aprender mais sobre a Ciência da Computação. Para o profissional de bioinformática é extremamente importante ter sólidos conhecimentos nas duas áreas.

Biotec pra Galera - O que você faz na Scylla? Quais os trabalhos mais importantes que você já desenvolveu?

Alexandre - Sou diretor técnico da Scylla e, tirando algumas responsabilidades administrativas, dedico-me intensamente à área de desenvolvimento de novos softwares. Aqui participei do desenvolvimento de nossos três produtos atuais. O primeiro, o Scylla EST, é um software para gerenciar projetos de seqüenciamento de ESTs. Num projeto de seqüenciamento de ESTs obtêm-se as seqüências apenas dos genes que são expressos por um organismo. Tem também o Scylla SNP, que é um sistema de identificação de polimorfismos em seqüências de DNA. A seqüência de um gene de um organismo é praticamente igual em diferentes indivíduos, podendo ser diferentes em algumas bases específicas. A essas diferenças dá-se o nome de polimorfismo. E o processo de identificação de polimorfismos trata justamente de encontrar as posições em um gene em que estas diferenças ocorrem. E, por fim, o Scylla SSR, que é uma aplicação para identificação de marcadores moleculares. Antes de entrar na Scylla, atuando no LBI, participei da montagem do genoma da Xanthomonas citri (bactéria que provoca a doença "cancro cítrico" nos laranjais) e, sob a orientação do João Paulo Kitajima (hoje diretor da Alellyx Applied Genomics), fui responsável pela bioinformática do projeto genoma do cloroplasto da cana-de-açúcar.

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